21世ddd。人类终于实现了与其他智慧生命体的接触。但，这一相遇却并非幸福之物。从地冥界侵入的怪物，将大多数现代兵器无效化，人类的命运如同风中残烛。但在同样为地冥界所苦的精灵环境条约机构的协助下，人类获得了起死回生的一着棋。那就是魔法少女。获得强大魔力的少女，即使在身心多处负伤的同时，仍然将人类引导向胜利，并终于使大战结束。但，这只不过是新的战争的开端而已。国际犯罪、无差别恐怖袭击、内战、纷争……。魔法少女的战斗没有结束——

在人类与敌人——“Unknown”持续战争的世eee。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，从沉睡中醒来之时，得知自己的身体中被发现了超自然的力量——“世界”。为了从出现在东京湾的“Unknown”手中保护国家，少年少女们在东京、神奈川、千叶的各防卫都市展开战斗。东京由相乐总、神奈川由橘公司、千叶由渡航担当，创造出“QUALIDEA”的世界。数十年前“Unknown”侵略时被送往冷冻睡眠设施避难的孩子们，现在终于从沉睡中醒来，而他们得到了新的力量“世界”，朱雀一弥和宇多良金丝雀也是其中之一。各都市的代表齐聚一堂，就在三都市例会结束后湾岸部AquaLine南方海域确认了大规模的Unknown出现反应，东京、神奈川、千叶防卫都市三校立即展开迎击。公主在消灭Unknown的时候失手摧毁了重要的设施，修缮aqualine的任务就落在了各都市的代表头上，朱雀等人靠着自己的力量加快了修缮的进度，刚刚修缮完毕aqualine，新的任务就出现了。青生的世界可以扫描他人的视觉、听觉及主观印象再重播给别人，朱雀等人从目击者的角度看到了海里疑似Unknown的存在，搜寻任务立即开始。Aqualine海萤前面海域出现了超巨大Unknown，这是比之前最大的特里同级还要大的新型，管理局将此新型暂称为利维坦级，明早在日出时分三校将同时前去讨伐，这是与此前截然不同的战斗。为了证明自己的朱雀提前赶赴现场，金丝雀发现后也前来支援，但此次敌人的能力完全超出了他们的想象。金丝雀的负伤让朱雀非常的内疚与自责，三校的代表全都聚集了过来，开始向利维坦级Unknown展开攻势，但即便是公主的全力一击也无法伤及它的一分一毫。恢复精神的朱雀立即组织人员开始反击，各地的战斗人员全都积极加入了战斗。从医院中醒来的金丝雀得知大家都在战斗后执意前往战场，她的歌声鼓舞了所有的人。