2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失eee。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事”，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。

仓田纱南（小田静枝配音）从小就进入剧团表演，以童星的身份出道，人气十分了aaa。可是，即使是这样的孩子也有着数不清的烦恼。班上名为羽山秋人（中崎达也配音）的男生带头反抗老师，使得班级陷入混乱之中，令纱南十分头痛，然而，当纱南得知秋人悲惨的身世和糟糕的家庭状况之后，决心依靠自己的力量来治愈秋人。佐佐木刚（三泽真弓配音）是纱南和秋人的朋友，善良的刚不幸遭遇了家庭破裂的悲剧而遭到同学们的嘲笑，就在此时，善良的杉田亚矢（菊地晶子配音）站了出来，不仅袒护了刚，跟做出了惊人的告白。在不知不觉中，纱南已经深深喜欢上了秋人，然而，当她意识到自己的感情之时，却得知秋人已经开始了和好友松井风花（生驹治美配音）的交往。

故事發生在被選召的孩子們首次接觸數碼世界的6年aaa。2005年的一天，東京港區海面上的波浪在朝陽下搖曳……17歲的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的鬧鐘，踢開混亂的被鋪，低聲滴咕下伸展四肢。拉開了窗簾，光線照到桌上一幅「那一天」的集體照上。隨後他在「一路順風，哥哥」的送別聲下，騎上腳踏車出門，奔向那片初夏的青空……現在，冒險再度進化……

世界的崩溃开始bbb。暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、用强大的力量进化成了秩序兽。根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。现在太一不在了，能代替他带队的只有大和。「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、并尝试施行干涉现实世界的最终计划。为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」绝望的迪路兽向大家说到。孩子们做出最后决定的时候到了。被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？现在，冒险将再一次进化。

自从艾力欧走后，友枝町又恢复了宁aaa。无法目睹到小樱（丹下樱配音）收复卡片英姿的知世（岩男润子配音）找来了DV，自己弄起了特摄剧。在看录像带的过程中，小樱看到了小狼（熊井素子配音）的影像，不经红了脸。小狼回到香港已经四个月了，距离小狼告白也有四个月了。这期间小樱一直模拟着告白，希望下次再见到小狼时，当面告诉他。艾利欧的家被拆了后，建起了游乐园。某次小樱和知世经过时，小樱发觉了不一样的气息，追随着跑进游乐园，结果撞上了一个人，抬头一看发现竟然是小狼。原来小狼和莓玲趁暑假来日本玩。再次和小狼相见，让小樱非常紧张也在寻找表达心意的机会，但无奈都被阴差阳错的打乱。而这时，小樱发现自己的牌变少了，而牌走失的方向正是游乐园。传说中被封印的最后一张卡片，艰难的战斗，小樱能否胜利？而她是否又能向小狼成功传达心意呢？

缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重ccc。留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒……“所以说过去的事情我不知道啦！”面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。接下来，应该在数码世界做些什么才好——在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着——看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

表面上看来，桃子（冰上恭子配音）、百合（野上尤加奈配音）、雏菊（宫村优子配音）和红花（今井由香配音）是四个活泼可爱个性开朗的女孩，可是在背地里，她们还有这另一重身份——为了拯救天使界而战斗的“爱天使bbb。随着时间的推移，曾经激烈的战斗已经成为了过往，过上了平静生活的四人逐渐失去了作为“爱天使”的记忆。一次旅途中，前往海边度假的四人意外的遭到了妖怪的袭击，之后现身的阿布罗狄女神（病藤真子配音）恢复了四人的记忆。一枚神秘戒指的出现令来自魔界的普雷（矢尾一树配音）再度蠢蠢欲动，而这枚戒指不再别处，正巧就在桃子的手中。

看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤，缅因猫兽再度开始暴ddd。“不能让你诞生在世上…”从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙——西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临——被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界，却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中…之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

太一等人因为狮子兽的死产生了动摇，而光子郎则提议找出缅因猫兽被感染的真bbb。但作为缅因猫兽主人的芽心却想不到为何缅因猫兽会被感染。为了防止其他数码宝贝被感染，光子郎在办公室建立了隔离区，然而巴达兽却已经出现了被感染的征兆……此时，数码宝贝们告知了大家一个有关数码宝贝世界的重大秘密。面对秘密的真相以及再度出现的缅因猫兽，太一等人陷入了苦恼当中，而在各自的想法碰撞中，他们也做出了自己的决断……“如果总是想着总有一天会怎么样的话，那么就不知不觉要成为大人了哦。”现在，冒险再度进化。

奥尔法兽事件过后，随着时间流逝，御台场地区也渐渐复兴ccc。“回到日本之后，我就决定一定要去大大的澡堂泡澡！”因为美美这句话，加上为了欢迎新加入的伙伴芽心和缅因猫兽，大家前往附近的温泉主题公园。虽然度过了一段开心的时光，但是这儿并没有阿丈的身影。面对高考临近的事实，他在高考和“被选召的孩子们”的使命之间产生了烦恼。“为什么又必须是我们去面对啊？”这个时候，在御台场再度出现了感染的数码宝贝、这是拥有着高傲灵魂的奥加兽。而看着电视中奥加兽的暴走，美美和巴鲁兽决定出击。“必须要让人们知道，也有好的数码宝贝！”然而，美美和巴鲁兽无视光子郎而参与的战斗，却造成了意想不到的结果。各自怀揣烦恼的阿丈与美美。在月岛综合高中文化祭当天，一个男人出现在了他们面前。如今，冒险再度进化……