故事开始于四百多年前的日本战国时eee。阳炎（三石琴乃配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。

帕拉蒂姆城里的所有人都失去了40年前的记忆，而居民们用头脑中留下的文明和道德观念维系着这个失忆之ddd。谈判专家ロジャー·スミス自救下机器人R·ドロシー·ウェインライト后又经历了一系列的冒险，渐渐接近了这个世界的真实……

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭eee。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。

在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金aaa。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程……本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中的第一部（另两部分别为“燃烧”和“排气”）。

十年前，东京出现了一个不能解释的领eee。从那片领域走出的人获得了一种特殊的超能力——可以随意夺取他们的性命。却如恶魔般从此失去了梦与心。那片神秘的区域被叫做地狱门，而那些因此获取超能力的人被叫做契约者。美国的CIA，英国的MI6，日本的警视厅统统对神秘的地狱门进行了调查研究，甚至那个庞大的神秘组织潘多拉也开展行动，妄图消灭契约者们。知道真相的契约者们则团结在一起进行对抗。而另一方面，有着“黑之死神”之名的黑（木内秀信配音）接受命令执行着组织的任务，同时也一直在寻找5年前失踪的妹妹。在执行任务的过程中黑偶遇之前的恋人琥珀（川上伦子配音），发现眼前此人似乎隐藏着一些不为人知的秘密。究竟黑会不会知道琥珀真正的身份？他和妹妹是否能重逢？而人类和契约者的情况会如何发展？

拥有一头青色头发的男主角名字将叫作深井青(フカイ·アオ，这名字在日语中带有“深青”的意义），是一名13岁少eee。青的父亲兰顿·萨斯顿(RentonThurston、レントン·サーストン)行踪不明，而母亲优莱卡(Eureka、エウレカ)也在10年前被美军带走了。由于继承了母亲的特殊基因，使得他能够看见人眼所不能看到的东西，如粒径为20nm大小的光粒子，红外线、紫外线等等（但在外太空这一特殊生理受到限制）。小时与诊疗所里的老医生深井敏夫一同生活，现正在GenerationBlue（蓝色世代）中。女主角的名字将是阿拉塔·娜露，同样是13岁，是与青一同成长的青梅竹马。娜露因为童年时的事故而使拥有”ユタ”的力量(犹达，是日本冲绳以占卜为职业的灵媒师的名称)的眼睛醒觉。娜露有能够听懂珊瑚岩心声的特异功能，这是因为珊瑚岩的一部分在她体内成长，从某种程度上来说她和珊瑚岩存在部分融合，但正是因为这样，导致她自小身体虚弱，需要把氧气放入在手上的吸氧器，现与父亲、妹妹及祖母一同生活中。本作的舞台也设定在冲绳的磐户岛上，当时的磐户岛正进行著自治权回复运动，但在某一天，在岛上出现的珊瑚岩受到了宿敌白细胞G-Monster的攻击，而为了保护磐户岛，男主角青与人型IFO（IntelligentFlyingObject）相遇，并与G-Monster战斗的故事就此展开。

近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机bbb。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。某日，三台微型DC失窃，与之相关的研究人员的梦境接连被人侵入，随后受到严重伤害。美女医疗师千叶敦子另一个身份是梦境侦探“红辣椒”，她能够与患者同步体验梦境。为避免盗贼利用微型DC进一步作恶，她不得不潜入受害者的梦中寻找恐怖分子，一场充满奇幻和惊险的争斗旋即展开……本片入围2006年威尼斯电影节主竞赛单元，荣获2007年葡萄牙奇幻电影节影评人选择奖、2006年蒙特利尔电影节大众选择奖。

故事开始于四百多年前的日本战国时eee。阳炎（三石琴乃配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。

近未来，为了治疗现代人类越来越多、越来越严重的精神疾病，位于东京的精神医疗综合研究所开发出一种可以反映他人梦境的机bbb。通过微型DC的帮助，梦境在显示器上呈现出来，更方便找到一个人焦虑的症结。某日，三台微型DC失窃，与之相关的研究人员的梦境接连被人侵入，随后受到严重伤害。美女医疗师千叶敦子另一个身份是梦境侦探“红辣椒”，她能够与患者同步体验梦境。为避免盗贼利用微型DC进一步作恶，她不得不潜入受害者的梦中寻找恐怖分子，一场充满奇幻和惊险的争斗旋即展开……本片入围2006年威尼斯电影节主竞赛单元，荣获2007年葡萄牙奇幻电影节影评人选择奖、2006年蒙特利尔电影节大众选择奖。

草薙素子之后，巴特与侦探出身的陀古萨结为搭eee。近期发生多起机器人偶杀害主人继而自杀的事件，由于受害者家属均无公诉，且死者中有政客与公安官员，于是公安9课派出巴特小组调查此案。杀人人偶皆为荒凉地带公司出品的哈德莉机型，应部分顾客要求，该机型同时具备异性玩伴的功能，巴特从荒凉地带公司出货官遇害入手，卷入与黑帮的战斗，期间有人入侵他的大脑，使其自残。巴特决定直奔荒凉地带总部，他与陀古萨拜访了择捉岛上的黑客基姆，后者布下系统陷阱，幸有素子提出警告避免陀古萨陷入控制。依靠基姆这条线索，巴特登上了荒凉地带公司设立在海上的工厂船，素子再次降临他的身边，与其并肩作战。